队被范-盖伦率领的荷兰海军分舰队击败，地中海贸易全面停滞。年轻的大同海军也为成长付出沉重代价，联邦舰队、联合舰队仅有的八艘战列舰中的五艘以及其他二十多艘主力舰被击沉，另有分舰队统领林飞鱼、小川英健以下五百余人阵亡。

    共和十年（西历1654年）四月，荷兰与英格兰签订《威斯特敏斯特和约》，荷兰承认战败同意遵守《航海条例》，第一次英荷战争结束，但由于云荣以联邦政府没有授权为由拒绝去伦敦，《和约》少了一方签字更像是无效协议——海军惨败的消息传到大同，参众两院愤怒了，以绝对多数通过总理府的提案：冻结英格兰在联合亚细亚公司的股份，增拨一千万元海军重建军费，派兵进入廓尔喀、锡兰，向莫卧儿帝国提供军事援助。

    共和十一年（西历1655年）五月，范-盖伦将军受荷兰议会委托率领联邦舰队、联合舰队残部返回远东，同船还携带了数千名出外谋生的荷兰人。大同联邦大都督府立即下达命令：委任范-盖伦为联邦海军提督，增建旅顺、登州、海州三个军港，战列舰扩充到十五艘，其他主力舰再增加四十艘——联邦海军从此进入漫长的重建期，没有余力维持南方海面秩序。

    共和十四年（1658年），加冕国王不到一年的克伦威尔去世，查理二世复辟，英格兰政局出现动荡，这时，大同与荷兰也在巴达维亚展开密谈——荷兰议会说服东印度公司放弃福摩萨和对大同的海军贷款债权，希望以此换取大同联邦的援助，而大同联邦政府对台湾不感兴趣，要求荷兰尽快结清大同为保卫荷兰已发生的军费，并对今后因此发生的债务提供担保，双方诉求差距太大，只好不断向上面请示，谈判时断时续，取得共识遥遥无期。

    共和十五年（西历1659年），吴三桂攻入云南，永历帝逃亡缅甸，至此除少数地区还有残明武装抵抗外，云、桂、贵、闽、粤五省基本落入南京朝廷手中，但南京朝廷的官营经济搞得一团糟，鱼米之乡的江南、浙江日益疲困，竟然还出现饥荒，洪承畴养不起军头，索性许他们在地方自筹粮饷。吴三桂的兵最多，占据的云南、贵州却最穷，一时陷入困境，手下谋士方光琛不愧在大同混过，献出富国强兵之计：结好大同以引进工商；发行铜钞以搜敛民财；开放百业以增收商税；疏通商道以广征关钞。吴三桂一一采纳，他的亲眷、部将立刻像狼一样扑向云贵各地大做生意，广东的尚可喜、福建的耿精忠、广西的孙延龄随之跟风，南中国似乎突然走进新时代。

    共和十六年（西历1660年）初，郑成功起兵十八万走海路北伐，五月合会舟山的张煌言部在长江口击败大同联邦的崇明水师协，随后攻崇明、上海不克进入长江，六月在瓜州、镇江先后大败江北民兵和南京官军，沿江州县的南京官员见势不妙纷纷献城投降，郑军势如破竹包围了南京城。洪承畴的主力在南方，无力坚守南京，急忙向扬州的李槐求救，这时，郑军却在南京城下休整十余天无所作为，给了江北动员预备兵和调动兵力的时间，八月上，上海守备梁化凤首先率领三千民兵杀到南京，紧接着徐州提督噶尔图率领骑五镇、步六镇渡过长江。郑军措手不及被杀得大败，撤退途中又被武昌水师协、崇明水师协前后夹击，损失精锐五万、战船数百才逃出长江口，张煌言所部也被打得一哄而散，江南、浙江再无成建制的残明武装。

    洪承畴侥幸逃脱一劫，恨得咬牙切齿，捕杀了张煌言等大批忠于故明的志士，次辅钱谦益与残明势力藕断丝连，唯恐受到牵连，索性伙同一帮江南士绅叛逃江北，从此脱离官场专心治学。

    共和十七年（西历1661年），困守厦门的郑成功为寻找出路率精锐二万五千人、战船数百艘东进，四月在台湾南部登陆，赤嵌城的荷兰人力战不敌，被迫献城投降。郑军迅速分兵一部扑向台湾北部，而

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