统一婆罗洲后，吴应熊拥有的武装，黑旗军加兰芳国的当地华人武装，已经达到二万人，其中经过初级军事训练的人在八千左右，经过战场生死考验的核心战斗人员有四千人。

    吴应熊的华人武装占领婆罗洲后，面临不再是陆地上的威胁，而是来自海上的掠夺，除了列强海军，还有各种海盗，吴应熊急切需要对华人武装力量进行整编改革，于是他策划了指导方案：建立吴应熊为首的军事指挥机构，包含总参谋部、军事情报部、后勤装备部、大汉军事学院等，并逐步完善各部门机构。建立陆海作战兵种体制，依据当前实际情况，建立陆军、海军两大主要作战力量，陆军包含步兵、炮兵、骑兵、通信兵、工程兵等兵种，海军岸防兵、陆战队等兵种，吴应熊还建立了特种部队，属于最高领导人吴应熊亲自指挥，由陆海兵员中选拔军事素质最优秀、最忠诚的兵员组成，四百人，由苏慕白担任特种兵指挥官。

    吴应熊还在岛上建立预备役体制，预备役兵一万人，确保作战兵员及时补充，原来兰芳国就是全民皆兵的制度，这一点并不困难。

    以上是吴应熊的建设军事力量的设想，以当前地资源和条件尚无法一下子建立起来，主要原因缺乏高素质的军事人才。所以吴应熊决定先建立大汉军事学院，亲自担任校长，以刘永福等黑旗军骨干为教官，重视实践训练。

    大汉军事学院以培养青年军官为主要目的，以前吴应熊粗糙训练黑旗军的方式，也被整理成，内容重新规范。规定陆军青年士官主要训练：队列、擒敌、战术、体能。

    射击训练为练习一百米站卧蹲三姿精度射击，军事学院海军分院多了游泳的科目。

    队列训练包括：单兵队列、集团队列、军姿仪表等。

    擒敌训练包括：姿势、步伐、拳法、腿法、防击打技术、擒拿等内容。

    战术训练包括：单兵战术有卧倒、持枪卧倒、端枪卧到、运动姿势为低姿匍匐、高姿匍匐、侧身匍匐，高姿侧身匍匐、滚进等；集体战术排除阵列对射战术，采用使用的散兵作战小组制，每三至五人为一个战斗小组，分散出击相互配合，进攻时以班排为最小作战单位，依次掩护、交替出击、梯子配置，减少被射击面积，降低伤亡率。

    体能训练包括：五公里越野、百米冲刺、蛙跳、俯卧撑、组合体能练习等。

    另外还有军事思想教育，为了保证这支军队的绝对控制权，每周五接爱军人的价值教育，包括学习军歌，保密条例，内务条例，队列条例，纪律条例等，其中纪律的第一条就是坚决拥护和执行吴应熊的命令，保家卫国。

    而且吴应熊在大汉军事学院分科进行兵种专业技能训练，如步兵科：专业训练射击、体能、擒敌、格斗、枪械保养等各种军事技巧。炮兵科：加强炮兵的要求和建设，主要包括炮兵技术训练和炮兵战术训练。技术训练包括炮击、兵器与操作，包括火炮、弹药和技术装备的性能、构造、工作原理和操作使用、维护保养，炮兵侦察测地，炮兵通信，工程保障等。

    炮兵战术训练包括：合同战术原则、炮兵战斗基本原则、战斗指挥、战斗保障，攻防作战中炮兵战斗行动和专业兵之间、兵种之间的协同训练。

    工兵科：主要是学习遇山开山，缝水架桥，构建营地等。

    后勤科：主要是学习如何保障部队或者基地的粮食、水、弹药补给等问题。

    军事学院一期招收学员两千名，吴应熊要求这批人大半来自贫苦华人家庭，还安排了文化课，教这些军官读书识字，他这个校长还亲自去军事学院授课。

    吴应熊成立陆军部，刘永福担任陆军参谋长，陆军编制一万二千人，建制仿照二战时期英军编制，旅下设两个步兵团一个炮营一个通讯连，每团下设三个步兵营一个通讯排

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