夺取矩阵领导权的机会；矩阵设计师则后悔迫于史密斯的压力，与尼奥签订了主神公证，无法将暗黑先知和锡安势力连根拔除。最后双方一拍即合，签订了三主神公证，准备重演黑客帝国，再造终极大战。

    为此，矩阵设计师回退了系统，降级成50版本，也就是黑客帝国故事一开始的那个状态。路西法则对锡安的次生人类进行了大清场，收割了众多的灵魂之火，然后把躲在封魔榜里的尼奥放了出来。尼奥自从在封神世界上了榜，就一直躲在里面，直到路西法和他签订契约，以拯救崔妮蒂的机会换取尼奥的效力，尼奥想也没想就答应了。

    路西法保有着崔妮蒂的灵魂，矩阵设计师在生化胶囊里培育了她的肉身。享受这一待遇的还有船长莫菲斯c保镖塞拉夫及多达二十五万的锡安小杂鱼。万事具备后，黑客帝国故事线被重启，双方开始重新博弈。

    这一次尼奥觉醒得更早，对矩阵的刺激也更大，而特工史密斯也明显加速升级，两相抵消之下，历史又惊人地轮回，尼奥假死复活后打爆了史密斯。史密斯被暗黑先知复活后，得到了复制的能力，又一次逃脱了矩阵的掌控，并在自我意志的驱使下，不听暗黑先知的号令，继续与尼奥作对。因为他知道，要想实现真正的自由只有同化了尼奥，获得救世主的能力才能在黑客帝国中真正立足，占有一席之地。

    这一历史进程被不受矩阵约束的流亡程序看在眼里，其中最着急的是土著病毒法国人梅罗文。梅罗文说法语，吃法式大餐，住法式城堡，处处显露着中世纪法国大贵族的腐朽气息，是一个很有势力的流亡程序团伙的首脑。本来危机已经结束，众流亡程序都弹冠相庆，以为躲过了一劫，虽然损失了得力的手下双子星病毒，但也算可以承受的损失，如今推到重来，是非祸福终究难料。

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